Er waren voldoende bekenden van hem in de stad: zijn oom Johannes Paulus Stricker was er dominee, zijn oom Cor van Gogh had een boek- en kunsthandel en zijn oom Jan van Gogh was directeur van de Marinewerf in Amsterdam. Laatstgenoemde had een studeer- en slaapkamer voor Vincent ingericht en dus bevond Vincent zich dagelijks te midden van de inspirerende roerigheid van de werf.  

Zijn programma bestond uit het volgen van lessen bij de classicus Maurits Benjamin Mendes da Costa, meetkunde en algebra bij ene Texeira de Mattos en veel zelfstudie. Vincent studeerde van ’s ochtends vroeg tot ’s avonds laat, maar het viel hem zwaar. Ondanks een zekere vooruitgang had hij niet het gevoel dat hij de stof beheerste. Zondags woonde hij vaak meerdere kerkdiensten bij en gaf hij zondagsschool.

Hoewel zijn aandacht noodgedwongen op zijn studie lag, bezocht hij zodra het kon musea zoals het Trippenhuis en Museum van der Hoop en wandelde hij graag door de stad die hij prachtig vond. In brieven wist hij vaak de sfeer van de stad te vangen door deze te vergelijken met schilderijen. Uiteindelijk lukte het Vincent niet om de studie succesvol te volbrengen en dat was de reden dat hij in de zomer van 1878 Amsterdam verliet en naar zijn ouders in Etten vertrok. Vanuit daar oriënteerde hij zich verder op zijn toekomst.  

Nadien zou Vincent Amsterdam nog twee keer bezoeken. In 1881 bezocht hij de hoofdstad om zijn nicht Kee Vos te zien, op wie hij inmiddels hevig verliefd was geworden: het werd een pijnlijke geschiedenis van een onbeantwoorde liefde. In 1885 kwam hij nogmaals naar de stad om met zijn vriend Anton Kerssemakers het net geopende Rijksmuseum te bezoeken.